內窺鏡室內窺鏡室及內窺鏡消毒房為負壓地區，消毒房由奧林巴斯(Olympus)承建商提供顧問意見建造，並採用新型號的內窺鏡自動清洗機。而內窺鏡檢查中使用的儀器如活組織鉗及瘜肉勒除器，均用即棄式儀器， 以慎防交叉感染。此外，本中心的內窺鏡室亦引進了纖幼5mm胃內窺鏡、窄波成像功能 (NBI)、自體熒光成像 (AFI)、小腸鏡、膠囊內視鏡 (Capsule endoscopy)與內視鏡粘膜下層剥離術 (ESD)、內窺鏡專用泵水器、內窺鏡專用二氧化碳導入儀等先進科技。

為提供更優質醫療服務，本中心已全面更新內窺鏡整套設備，並採用Olympus嶄新的HQ290高清系列。當中的雙重聚焦模式 (Dual Focus)、高壓自動沖洗功能(Auto Pressure Water Jet) 以及超廣角鏡頭(170° wide-angle)，在輸出超高畫質的同時，亦讓醫生更容易捕捉隱藏在死角的微細瘜肉，令手術更準確、更見成效。